Участвовал в войне со Швецией 1788–1790.

5.5.1789 с эскадрой вышел на Ревельский рейд, а в начале июня был послан для усиления отряда капитана 2 ранга Н.И. Шешукова, крейсирующего у п-ова Паркалаут. 21 июня около п-ова Паркалаут участвовал в сражении с отрядом шведской гребной флотилии. После 2,5-часового боя шведы отступили. 26.6.1789 отряд вернулся в Ревель.

2.5.1790 в составе эскадры адмирала В.Я. Чичагова бриг участвовал в Ревельском сражении, стоял в третьей линии. С 8 по 13 мая с отрядом крейсировал у о-ва Наргин, затем присоединился к эскадре. 24 мая эскадра В.Я. Чичагова вышла в море, 25 мая у о-ва Сескар соединилась с Кронштадтской эскадрой и, преследуя шведский флот, они вошли в Выборгский залив. 9 июня -Нептун- встал по диспозиции в составе отряда капитана 2 ранга Р.В. Кроуна между о-вом Питкопас и м. Крюсе-рорт, 10 июня участвовал в бою со шведской гребной флотилией (4 судна были взяты в плен, 1 сожжено, 3 отступили в шхеры). 22 июня бриг участвовал в Выборгском сражении и преследовании шведских судов, затем с эскадрой крейсировал у Гельсингфорса, а 13 июля прибыл на Ревельский рейд. С 18 июля по 5 августа в составе отряда контр-адмирала П.И. Лежнева крейсировал в Финском заливе, вернулся в Ревель, затем перешел в Кронштадт.

В 1791, 1797 и 1801–1809 в составе эскадр и отрядов находился в практических плаваниях в Финском заливе и Балтийском море.

Зимой 1799/1800 тимберован в Кронштадте. С 9.6 по 5.7.1800 ходил из Кронштадта в Копенгаген, чтобы доставить приказы на эскадру вице-адмирала М.К. Макарова, 14.5.1804 перевез с о-ва Вердер на о-в Моон и обратно Е.И.В. Александра I со свитой.

Разобран в 1819 в Кронштадте.